Измененные программы 1С сопровождать сложнее, чем типовые ПП.
В первую очередь, это связано с более сложной процедурой установки обновлений. Если доработанную программу обновить типовыми средствами, то все изменения в программе исчезнут.
Трудоемкость и стоимость обновления доработанных программ зависят от количества и типа доработок.